Urodził się w dniu 21 marca 1913 roku w rodzinie Józefa i Ludwiki z domu Cholewa (z Toporzyska) w domu pod numerem 79 na roli Pyrtkowej. Lata dziecięce - jak większość jego rówieśników- spędzał wraz z siostrami Anielą (Bednarz) i Stefanią (Palarczyk) pomagając w pracach na roli. Do szkoły podstawowej uczęszczał w Bystrej od 1919 do 1922 roku,, następnie chodził do gimnazjum w Jordanowie do roku 1926. Od l września 1926 r. idzie do Liceum im. Seweryna Goszczyńskiego w Nowym Targu. Po złożeniu egzaminu dojrzałości postanowił wstąpić do Seminarium Duchownego w Krakowie, lecz z braku miejsc nie zostaje przyjęty. Za namową znajomego kleryka, wstępuje do Archidiecezjalnego Seminarium Duchownego w Wilnie. Jednocześnie studiował na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Stefana Batorego. Seminarium ukończył w 1940 roku i 16 czerwca przyjął święcenia kapłańskie z rąk arcybiskupa Romualda Jałbrzykowskiego. Na podstawie pracy na temat apostolstwa świeckich kobiet, napisanej pod kierunkiem ks.doc Michała Sopoćko uzyskał stopień magistra. Pierwsza placówką w jego pracy duszpasterskiej była parafia Dukszty Pijarskie niedaleko od Wilna. We wrześniu 1941 roku zostaje przeniesiony do parafii Ikażń na Brasławszczyżnie, gdzie proboszczem był o rok starszy kolega ks. Władysław Maćkowiak. 3 grudnia 1941r ks. Maćkowiak zostaje aresztowany przez gestapo, ks. Stanisław pojechał go ratować, lecz sam zostaje przez Niemców aresztowany pod zarzutem „ujemnego ustosunkowania się do władz i utrzymywania tajnej szkoły". Księża uczyli dzieci katechizmu i dlatego miejscowi innowiercy zemścili się na nich donosząc do gestapo. Przed Bożym Narodzeniem zostali przewiezieni do więzienia w Głębokim. Po jakimś czasie przyjaciele „załatwili „im przeniesienie do szpitala w Głębokim, gdzie bardzo troskliwie opiekował się nimi dyrektor szpitala dr Zasztowt. 16 stycznia w Dryssie nad Dźwiną aresztowano ks. Mieczysława Bohatkiewicza, którego w dniu l lutego 1941 r. również przewieziono do więzienia w Głębokim a następnie dołączono do przebywających w szpitalu księży Maćkowiaka i Pyrtka. Dr Zasztowt proponował księżom ucieczkę, ale odmówili, by nie narażać doktora i jego rodziny na represje. W szpitalu księża odprawiali Mszę Świętą dzięki dostarczonym przez siostrę Tadeę - niepokalankę utensyliów. Różnymi sposobami próbowano ich uwolnić. Parafianie zebrali pieniądze, złoto, żywność jako łapówki dla Niemców, którzy dawali nadzieję na ich zwolnienie w dniu 4 marca. Gdy 2 marca w szpitalu odwiedził ich ks. Bartoszewic z nowiną o rychłym uwolnieniu, ci odpowiedzieli, że owszem będą wolni, ale w Ojczyźnie Niebieskiej i proszą go o ostatnią w swym życiu spowiedź. Wieczorem 2 marca policja zabrała ze szpitala do więzienia księży Bohatkiewicza oraz Pyrtka a następnego dnia także ks. Maćkowłaka.O świcie 4 marca 1942 roku żandarmi niemieccy wywieźli trzech księży do oddalonego o 3 km od Głębokiego Berezwecza i tam Ich rozstrzelali. Policjant polski będący na niemieckich usługach, w tym samym dniu przyniósł do zakrystii brewiarz i inne rzeczy po rozstrzelanych oraz opowiedział o ostatnich chwilach męczenników. W nocy księża odprawili Mszę Świętą a w swoich brewiarzach napisali ostatnie słowa do swoich najbliższych. Gdy wyprowadzano ich z celi, współwięźniowie zaczęli płakać. Wśród więźniów było wielu ich parafian. Księża powiedzieli do nich „Nie płaczcie, nasza śmierć będzie dla was uwolnieniem. Będziecie wolni wszyscy. Ofiarujemy naszą krew za was ... Pożegnali ich, pobłogosławili i wyszli." W lesie koło Berezwecza były wykopane już doły. Kazano im zdjąć sutanny. Oni jeszcze sobie wzajemnie udzielili rozgrzeszenia i gdy stanęli na wyznaczonych miejscach zdążyli jeszcze zawołać: „niech żyje Chrystus Król!". Następnego dnia po ich rozstrzelaniu zwolniono parafian. Papież Jan Paweł II w czasie pielgrzymki do ojczyzny w dniu 13 czerwca 1999 r w Warszawie beatyfikował 108 męczenników wśród nich ks. Stanisława Pyrtka.
Ostatnie pożegnanie bł ks. Stanisława Pyrtka zapisane na brewiarzu tuż przed śmiercią.
Kochany Tatusiu i Drogie Rodzeństwo.
Te kilka godzin dzieli mnie od śmierci niczym nie zasłużonej. Obowiązkiem kapłana jest złożyć i tę ofiarę za Chrystusa. Ginę za nauczanie religii. Nie placzcie ani się nie smućcie po mnie, idę do Mamusi i tam, wszyscy się spotkamy. Żegnajcie mi zatem. Dziękuję Wam za wszystko. Przepraszam za wszelkie zło. Serdecznie ściskam, całuję i pozdrawiam.
Bądź zdrów, drogi Tatusiu, kochane, siostry i drodzy malcy, wszyscy krewni i znajomi. Ślę Warn kapłańskie błogosławieństwo. Po trzech miesiącach więzienia cieszę się, że godny jestem cierpieć i umierać.
Więc nie rozpaczajcie, bo wszyscy się spotkamy. Całuję Was serdecznie.
Wasz ks. Stanisław.
Kochana Babciu, Romanie i Czarusiu.
Już mnie nie ma między żyjącymi. Obecnie znajduję się „ w celi śmierci", a za trzy godziny po wszystkim. Ostatnie zatem pozdrowienia i ukłony. Tylko nie plakać po mnie, bo jestem spokojny i żal tylko tego, że Tej co prędko zmartwychwstanie, już na ziemi nie zobaczę. Ta kartka - to dowód, że o Was jak o swoich pamiętam. Ks. Jankowskiemu, Pawłowi, Adasiowi i Jasiowi, pozdrowienie. Czarusia ściskam- to mój mściciel. Swe kapłańskie błogosławieństwo Wam ślę.
Wasz ks. Stanisław
Do dziekana Zienkiewicza.
Kochany i Czcigodny Księże Dziekanie i Ks. Piotrze.
Jam consumatum est- zaledwie parę godzin dzieli mnie od celu. Ostatnie zatem ślę podziękowanie za czulą opieką. Tam przed Panem będę błagał o nagrodę. Ostatnia też i prośba. Te parę słów nadesłanych przesłać rodzinie. Wszystkim za opiekę i czule serce proszę podziękować. Szczególnie tej dobrej siostrze Tadei Wasilewskiej {personelowi szpitala oraz całej parafii swej. Braciom w kapłaństwie ostatnie uściski i wszystkim swe kapłańskie błogosławieństwo. Chrystus vincit. Chrystus regnat.
4. III. 1942 Ks. Stanisław
Do Macieja Pawlika- kolegi z Seminarium.
Kochany Braciszku
Za trzy godziny kula przeszyje mnie czaszkę i składam ostatnią ofiarę. Jestem spokojny i całkiem świadom. Ostatnie słowa pożegnania ślę i ofiaruję Ci brewiarz, proszę, byś czasem modląc się wspomniał o mnie przed Panem. Zarazem proszę, byś w moim imieniu pozdrowił Dukszty, ks. proboszcza z Rodziną, mego następcę oraz wszystkich parafian duksztańskich i kolegów. Wszystkim przesyłam swe kapłańskie błogosławieństwo.
Głębokie 4. III. 42 Ks. St. Pyrtek
Puenta: Jak Christeros wołali w chwili śmierci "Viva Cristo Rey!"
